Kapitein Nemo duikt opnieuw op om professor Aronnax en de journaliste Amelie Dupin te redden wanneer de Commune Parijs in vuur en vlam zet. De Nautilus, waarvan men dacht dat die ten noorden van Noorwegen was vergaan, heeft in werkelijkheid de maalstroom doorkruist. De geest van Nemo is sindsdien vergiftigd door de gedachten van een nachtmerrieachtig wezen dat al miljoenen jaren onder de oceaan verborgen zit! Nadat ze de sleutel hebben teruggevonden van de onderzeese gevangenis van Cthulhu, in de Stille Zuidzee, moet de Nautilus de helft van de wereld over om de kwaadaardige god te proberen vernietigen voor hij zich op de mensheid stort. En voor Nemo zelf in een walgelijk monster verandert! Maar ... als Cthulhu nu nog monsterlijker zou zijn dan men tot nu toe dacht?